Der Kirchenkreis unterhält eigene Einrichtungen wie das Diakonische Werk Werra Meissner, das soziale Arbeit im Werra Meissner Kreis leistet und die Familienbildungsstätte, die verschiedene Bildungs- und Beratungsangebote für Familien anbietet, das Kirchenkreisamt, das sämtliche notwendige Verwaltungsaufgaben für die Gemeinden, Einrichtungen und den Kirchenkreis erledigt und das Kloster Germerode, das als selbständiger Verein organisiert ist.